Xã có diện tích 6,71 km², dân số năm 1999 là 7.043 người,[1] mật độ dân số đạt 1.050 người/km². Phù Lưu Tế là một xã nằm gần trung tâm huyện Mỹ Đức. Phía bắc giáp xã Xuy Xá, phía đông giáp xã Phùng Xá và sông Đáy, phía nam giáp thị trấn Đại Nghĩa, phía Tây giáp xã Hợp Tiến. Xã có địa hình đồng bằng. Xã có 11 thôn: Thôn 1, thôn 2.... thôn 10 (trước đây là 3 thôn thượng, thôn trung, thôn hạ và 10 đội).